Muzikos teorijos skyrius gyvuoja nuo pat mokyklos įkūrimo pradžios. Muzikos paslapčių ir muzikos rašto abėcėlės moko mokytojai metodininkai Janina Alūzienė, Edmundas Jucevičius ir Loreta Žulkuvienė, vyresniosios mokytojos Birutė Čepienė, Stanislava Jeleniauskienė ir Jūratė Žalimienė. Visi mokyklos muzikos skyriaus mokiniai greta pagrindinio instrumento yra mokomi solfedžio, muzikos teorijos pagrindų, improvizuoja, dainuoja iš natų, kuria, o muzikos istorijos pamokų metu (4-7 mokymo metai) supažindinami su istorinių laikotarpių ypatumais, muzikos stilių ir žanrų raida, lietuvių ir kitų tautų muzika bei žymiausiais kūrėjais.

1997 m. mokykloje buvo įsteigtas ir chorinio dainavimo skyrius. Šiame skyriuje vaikai mokosi dainuoti ansambliuose ir solo, mokosi skambinti fortepijonu. Šiandien muzikos mokykla turi du mokinių chorus – jaunių ir jaunučių, kuriems vadovauja mokytojas Edmundas Jucevičius. Chorinio dainavimo dalyko mokytojai Janina Alūzienė ir Edmundas Jucevičius bei mokiniai rengia temines choro programas, atlieka įvairių laikotarpių ir įvairaus stiliaus muziką, koncertuoja mieste, respublikoje, dalyvauja įvairiuose festivaliuose, konkursuose, respublikinėse bei Pasaulio lietuvių dainų šventėse. Muzikos teorijos ir chorinio dainavimo skyrių mokytojai organizuoja pažintines ekskursijas, veda atviras pamokas, kaupia metodinę medžiagą, rengia ir skaito pranešimus, organizuoja ir veda muzikinius renginius.